Waalkens begon op jonge leeftijd zijn voetbalcarrière bij het Schijndelse Avanti '31. Verschillende profclubs toonden belangstelling om hem in de jeugdopleiding op te nemen, waaronder FC Den Bosch en Willem II. Mede vanwege de reisafstand koos Waalkens voor de club uit de Brabantse hoofdstad. Een aantal jaren later toonde Willem II opnieuw belangstelling, maar wederom visten de Tilburgers achter het net. De middenvelder verkoos een plek in de jeugdopleiding van PSV. Bij de Eindhovenaren groeide Waalkens uit tot een groot talent. Al op zestienjarige leeftijd mocht hij samen met Ibrahim Maaroufi meetrainen met het team van toenmalig trainer Guus Hiddink. Zo stond hij als zestienjarige jongen tussen grote namen als Philip Cocu en Alex. In het seizoen 2007 - 2008 werd hij uitgeroepen tot beste speler van de Landelijke A-jeugd. In het voorjaar van 2009 was er weer belangstelling uit Tilburg. Toen bleek drie maal scheepsrecht te zijn, want Waalkens tekende zijn eerste profcontract bij Willem II. Ondanks dat hij ook bij PSV kon blijven koos hij voor de Tricolores om meer kansen te krijgen op speelminuten in de Eredivisie. Die lijkt hij ook te krijgen, want in de voorbereiding op zijn eerste seizoen maakt hij veel minuten. Jasper Waalkens maakte op zaterdag 1 augustus in de thuiswedstrijd tegen Vitesse zijn debuut in de Eredivisie.

Statistieken seizoen 2010 - 2011